藥物治療和手術治療的重要性如何區分，需要考慮患者的結石階段、大小和位置等因素。
對於小於5mm的微小腎結石，藥物治療比較有效。但對於大於2cm的結石，藥物治療效果較差，手術治療更為適宜。對於已經患過腎結石的人群，藥物預防很重要，尤其是對尿酸結石和草酸鈣結石可以使用枸櫞酸氫鉀鈉溶石，預防結石復發。
對於有結石症狀或危害的患者，藥物治療通常不建議，需要考慮手術治療。但對於沒有腎臟積水或腎功能損害的結石患者，可以用藥物進行觀察和隨訪，如果結石增長迅速，則需要手術干預。對於鹿角型結石，即使沒有明顯症狀也需要治療，因為它會嚴重損害腎臟功能。常用的藥物包括金錢草顆粒、枸櫞酸氫鉀鈉等，它們起到溶石和排石的作用。
另外，一些中藥如金錢草、玉米鬚和檸檬水也對結石預防有一定效果。藥物治療只是輔助治療，當患者出現症狀或腎功能損害時，建議儘早進行手術治療。對於結石大小適宜的情況，可以嘗試體外衝擊波碎石，但對于堅硬的結石可能需要手術治療。急診治療方案需要根據輔助檢查結果進行綜合考慮。
對於複發性結石，根據結石成分選擇保守治療或手術干預，並在初發階段獲取結石標本進行成分分析，以便指導後續的預防和治療。對於患者的依從度和重視程度，也影響著治療策略的選擇。