大多數肺結核患者可以在門診就接受治療，例如在當地疾控中心。有些人會配備一種板式組合藥，將四種結核藥物連在一起。對於輕度的結核病人，肺部感染不嚴重，也沒有合併其他的肺外結核，只需在門診吃幾盒藥即可治療。然而，以下情況需要住院治療。
首先，菌陽肺結核患者。這些患者的痰中含有大量的結核菌，具有很高的傳染性，對社會和國家都帶來巨大風險。據統計，一箇菌陽肺結核患者每年可以傳染給三個正常人，因此需要將這些患者隔離治療，將傳播風險降到最低後再出院。
其次，重度肺結核患者也需要住院治療。例如，兩肺的肺組織已經嚴重受損，正常肺部已經無法辨認；或者患者長期存在發熱、胸痛、咳嗽等症狀無法緩解；或者出現低氧血癥，需要氧氣或呼吸機的支援治療。
第三，肺外結核患者也需要住院治療。這些疾病包括結核性腦膜炎、結核性腦炎以及急性血行播散型肺結核。這類肺結核通常預後不佳，需要特別監測和觀察。
第四，出現嚴重藥物不良反應的情況也需要住院治療。例如，當病人因為使用結核藥物而出現嚴重的肝臟損傷、骨髓抑制等情況時。
此外，如果病人存在胸腔積液需放置引流管進行治療，需要進行每日動態觀察，此時也需要住院。另外，如果需要進行肺切除手術或治療腰椎結核需要進行植骨內固定，同樣需要住院治療。