胃鏡檢查也可能產生一些不良反應,但只要操作得當,通常可以避免這些副作用。由於檢查前會常規進行喉部區域性麻醉,在麻醉後,喉部黏膜對各種刺激的反應減弱,咽喉反射變得不協調。正常情況下,吞嚥食物或液體時食管會開啟而氣道會關閉,然而,由於咽喉協調不良,可能導致食物意外進入氣道從而引發吸入性肺炎。
對於需要進行活檢的患者來說,極少數患者由於區域性血管較多或凝血功能不良,術後可能出現出血情況。少數患者在術前會注射安定以達到鎮靜的效果,由於安定作用持續一段時間,因此術後患者可能會出現頭暈、嗜睡或進入睡眠狀態。在檢查過程中,需向腔內注入一定量氣體,因此術中或術後患者可能會感到腹脹,這是一種正常現象。
如果插入鏡具時操作不當,如用舌根頂住鏡身、頻繁地吞嚥、噁心和嘔吐,會導致黏膜與內鏡不斷摩擦,可能造成黏膜損傷、充血、水腫,甚至形成個別血腫,術後患者可能會感到咽痛。對於嚴重心肺功能不全、休克等危重狀態以及內臟穿孔的患者,都不適於進行胃鏡檢查。