儘管高壓氧已經在臨床應用中得到廣泛運用，但它也存在一些侷限性，需要專科醫生權衡各個因素。以下情況是高壓氧不適合的：
1、絕對禁忌症：未經處理的氣胸；
2、相對禁忌症包括14種情況，如重度上呼吸道感染、重度鼻竇炎、支氣管擴張、重度肺氣腫、肺大泡、收縮壓高於160mmHg、舒張壓高於100mmHg、心率低於50次/分、心臟二度房室傳導阻滯、視網膜剝離患者、孕婦（在3個月內）、未經處理的惡性腫瘤、出血性疾病、結核空洞形成並伴有咯血的患者、早產兒以及體重小於2000g的低體重兒。
上述14種相對禁忌症和1種絕對禁忌症都不適合進行高壓氧治療。然而，在臨床實踐中，根據患者的具體情況和病情判斷是否可以使用高壓氧。例如，對於血壓較高的患者，有些患者由於腦梗等原因無法將血壓降低到較低水平，這可能影響血流供應。對於基礎血壓較高的患者（如收縮壓達到160mmHg或170mmHg以上），也需要進行客觀評估。比如，如果患者今天的血壓是165mmHg，舒張壓是105mmHg，並且沒有自覺症狀，如頭暈、頭痛，而且患者正在服用降壓藥，如果在臨床上有需要，也可以將這種患者納入高壓氧治療範圍。然而，在治療過程中應密切觀察病情，如果患者出現不適症狀，應立即處理。
另外，在急診情況下，常見的一箇例子是一氧化碳中毒。如果患者是在洗澡時出現的中毒，通常伴有輕度感冒症狀，這種情況下需要緊急救治，一定要進行高壓氧治療。在治療過程中，建議患者做捏鼻鼓氣、吞口水等動作，並儘量減慢加壓速度。在進入高壓氧艙之前，可以考慮滴注1%麻黃素來收縮鼻腔血管。針對這種情況，可以進行高壓氧治療，但具體治療方案需因人而異，不能一概而論。