在妊娠期間使用藥物時，需要引起特別的注意。儘管某些藥物在短期內可能是安全的，但其長期影響無法評估。大多數藥物並未在人體上進行過試驗，因此所謂的“安全”只是相對而言的。即使在妊娠期間使用藥物可能會對胚胎髮育產生影響，但這些影響不一定能在孕期檢查中被髮現。目前只能檢查出有限的幾種疾病，並且畸形也只限於較為嚴重的情況。對於大多數藥物，沒有醫生能夠確保對胚胎髮育沒有影響。
妊娠期間藥物的暴露時間與胎兒畸形密切相關。藥物引起胎兒畸形的時間主要集中在停經後的5至11周（受精後的3至9周）。該時期是胎兒器官形成的關鍵時期，各個器官對藥物的影響的敏感時間各不相同。例如，心臟在受精後20至40天受到影響，肢體在受精後24至46天受到影響，外生殖器在36至55天受到影響，眼睛在24至39天受到影響。
在受精後的第1至2周，胚胎處於卵裂期，對於藥物的適應能力較強。在這個時期受到藥物的影響後，胚胎可能會正常發育，也可能會死亡（流產）。受精後的第3至8周是各種器官密集形成的敏感期，畸形發生的可能性較高，儘管各個器官的敏感性時間和程度有所不同。從受精的第9周到出生，是各種器官功能發展的時期，對畸形不太敏感，但神經系統和生殖器官仍然具有一定的敏感性，可能引發行為異常、器官機能異常和發育遲緩等問題。
在妊娠期間，一些常見疾病所用的藥物如下：
1.甲狀腺功能亢進：根據美國甲狀腺協會的指南，建議在早期使用丙基硫氧嘧啶（PTU），因為該藥物在孕早期很難透過胎盤，所以不容易引起畸形，但會增加肝臟損傷的風險。在孕中晚期，建議使用他巴唑，因為該藥物早期可能會導致胚胎頭皮缺陷，而中晚期則沒有該影響。
2.緊急避孕藥物：研究顯示，失敗後的毓婷不會對胎兒造成不良影響，而米非司酮可能會對胎兒產生不良影響。
3.高血壓：血管緊張素抑製劑（ACEI）可能會引發心臟或神經管畸形，而其他降壓藥物的風險相對較低。
4.糖尿病：在妊娠期間使用胰島素和二甲雙胍未見不良影響。
5.異維A酸可能引起50%的流產，或導致胎兒心臟畸形或神經系統畸形。
6.華法林可能導致20%的胎兒出現華法林綜合徵。