普遍認為多囊卵巢綜合徵會導致月經不調、易長痘和影響懷孕。然而，一項由澳大利亞學者發表在《臨床內分泌和代謝學雜誌》的大型回顧性研究揭示了多囊卵巢綜合徵（PCOS）患者面臨的其他疾病風險的增加，包括心血管疾病、代謝性疾病、心理性疾病、腫瘤性疾病和生殖功能異常等。因此，PCOS並非只是婦產科問題，它與多種疾病存在著顯著的關聯，對女性健康影響深遠。醫生在重視患者主訴的同時，也需要評估患者的整體健康狀況，包括可能導致心臟病、腦卒中和糖尿病等風險因素，即使是年輕的患者也不能忽視這一點。
在青春期和性成熟階段，多囊卵巢綜合徵可能引發糖尿病、脂肪肝、高血壓等多種併發症。由於多囊卵巢綜合徵具有代謝性疾病的特點，很可能合併糖尿病等多種內科疾病。患者通常有腹型肥胖的特徵，腰圍超過2000px，這種腹型肥胖與胰島素抵抗密切相關。同時，患者還可能患有高血壓、脂肪肝、冠心病等多種疾病。因此，在發現胰島素分泌異常和血脂異常時，應積極治療，以預防糖尿病、脂肪肝、高血壓和冠心病等併發症的發生。
在育齡期，多囊卵巢綜合徵常導致不孕和反覆流產以及各種妊娠併發症。由於多囊卵巢綜合徵會造成排卵障礙，懷孕的機率較正常婦女要減少，並且一旦懷孕，還容易由於特有的高雄激素、高促性腺激素、高胰島素水平和子宮內膜容受性異常等因素導致自然流產。妊娠期也可能出現各種併發症，如妊娠期高血壓、妊娠期糖尿病和羊水過多等。因此，在懷孕前應接受基礎治療，控制體重，調整血液生化指標接近正常。這既可以減少母親孕期併發症，也可以降低早產、低體重兒和巨大兒等風險，為寶寶提供一箇健康的開始。值得注意的是，母體的高血糖、高胰島素和高雄激素等導致的宮內不良環境對新生兒成年疾病的發生有重要影響。
在絕經期，多囊卵巢綜合徵對婦女健康的影響並不因生育完成或絕經而終止，相反，相關併發症風險逐年增加。除了前述的內科併發症，一些女性癌症的發生也有可能，如乳腺癌和子宮內膜癌。這些都與多囊卵巢綜合徵的激素失調有關，由於稀發排卵，患者子宮內膜長期受單一雌激素刺激，易患子宮內膜增生症，罹患子宮內膜癌的風險是普通女性的4倍。子宮內膜腫瘤的發病已經呈現年輕化趨勢，不僅限於老年婦女，一些病人在30多歲時就已經存在子宮內膜癌前病變，甚至子宮內膜癌。臨床上有必要定期對多囊卵巢綜合徵婦女進行子宮內膜癌的篩查，即使是絕經期也不例外。