性愛後龜頭疼痛的原因有多種，主要包括龜頭包皮炎、包莖或包皮過長、性生活不當、對某些避孕藥具過敏以及對陰道分泌物過敏。
龜頭包皮炎是一種常見原因，會導致龜頭處的面板出現紅腫、瘙癢等異常症狀。在性愛過程中，進一步刺激炎症的龜頭會加重疼痛。此時應遵醫囑使用甲硝唑等藥物來控制感染，預防併發症的發生。待炎症痊癒後，可以恢復正常性生活。
包莖或包皮過長也會引起龜頭疼痛。包皮內的自身汙垢和尿鹽可能積存於冠狀溝等部位，刺激包皮內面導致疼痛。此外，未翻轉包皮清洗導致陰道分泌物滯留在陰莖的包皮內也會引起龜頭溼疹和疼痛。因此，男性應定期清潔包皮並避免白帶等物質滯留在包皮內。
不適當的性生活方式也是導致龜頭疼痛的原因之一。時間過長、次數過多或者過度用力可能損傷薄血管和神經豐富的龜頭面板，導致疼痛。這類患者應適當節制性生活。
對某些避孕藥具過敏也會導致龜頭疼痛。例如避孕套、避孕藥膏和藥膜中的某些成分可能引起過敏性皮炎。一旦出現此情況，應避免使用同類藥具。
最後，對女性陰道分泌物過敏也可能導致龜頭疼痛。如果女方白帶增多，陰道酸性改變，男方的陰莖可能因受到刺激而出現溼疹或皮炎，從而導致性愛結束後龜頭疼痛。
正常的性愛不會引起龜頭疼痛。如果在性愛後出現明顯疼痛，應及時就醫，並查明原因後進行對症治療。