出現流褐色分泌物伴有腰痛的情況，可能是由於生理性因素或病理性因素引起的。生理性因素包括月經期和排卵期。在月經期，如果經血較少，混在白帶中就會出現流褐色分泌物，並可能伴有腰痛。在排卵期，女性體內的雌激素分泌可能會導致少量陰道出血，也會出現流褐色分泌物伴有腰痛的症狀。這些情況一般不需要特殊治療。
病理性因素可能包括子宮肌瘤、盆腔炎、腎結石和尿道炎等。子宮肌瘤是一種由子宮平滑肌和結締組織組成的良性腫瘤，常常導致陰道出血不規則、腹痛和惡臭的陰道分泌物增多等症狀，也可能伴有流褐色分泌物和腰痛。治療可以考慮超短波或手術方法，如肌瘤切除術。
盆腔炎是指發生在女性生殖道及其周圍組織的感染性炎症，常表現為腰骶痠痛、下腹痛、陰道分泌物增多和陰道出血不規則等症狀，也可能引起流褐色分泌物和腰痛。治療可以選擇紅光或超聲波治療，並配合使用外用栓劑如消炎栓。
腎結石是指形成在腎臟內部的固體礦物質和鹽類，常表現為腰痛和血尿等症狀。腎結石也可能導致流褐色分泌物和腰痛，治療可以考慮體外衝擊波碎石或經皮腎鏡碎石取石術等手術方法。
尿道炎是指尿道內發生炎症感染，導致尿道水腫和分泌物增多等情況。通常伴有黃色膿性或褐色分泌物，部分患者可能還會出現瘙癢和疼痛等症狀，也可能導致流褐色分泌物和腰痛。治療可以使用青黴素、米諾環素或紅黴素等藥物進行。
根據具體病因的明確，可以選擇相應的治療方案。