在臨床中，功能學分類是最常用的一種分類方法，將垂體瘤分為功能性垂體瘤和無功能性垂體瘤。功能性垂體瘤可以根據瘤細胞分泌的激素進一步細分為不同型別，包括泌乳素（PRL）瘤、生長激素（GH）瘤、促腎上腺皮質激素（ACTH）瘤、促甲狀腺激素（TSH）瘤、促黃體生成激素（LH/FSH）瘤、混合瘤和未分類腺瘤。至於腫瘤的大小，根據直徑進行分類，小於或等於1釐米的為微腺瘤，1到4釐米的為大腺瘤，而大於4釐米的則稱為巨大腺瘤。
垂體瘤還可以根據其生物學行為進行分類，侵襲性垂體腺瘤指的是生長超過包膜並侵犯毗鄰結構，例如硬腦膜、視神經和骨質等。它的形態屬於良性，但生物學特性類似於惡性腫瘤。相比於非侵襲性垂體腺瘤，侵襲性垂體腺瘤有更高的壞死、卒中和囊變發生率。由於侵襲性垂體腺瘤很難完全切除且增殖指數較高，術後複發率較高。
另一方面，非侵襲性垂體腺瘤按照世界衛生組織（WHO）的分類標準進行分類，但該分類還未在臨床工作中廣泛應用。此外，根據細胞質的染色效能進行分類，可以將垂體腺瘤分為嗜酸性、嗜鹼性、嫌色性和混合性四類。另外，根據瘤細胞的排列方式及血管的多少，也可以將垂體腺瘤分為瀰漫型、竇樣型、乳頭型和混合型。這些不同的分類方法可以幫助醫生更準確地診斷和治療垂體瘤。