在很多情況下，糖皮質激素治療只是疾病綜合治療的一部分，需要結合病人的實際情況，結合其他治療手段進行聯合應用。對於嚴重感染病人，可以在積極有效的抗感染治療和各種支援治療的前提下，使用糖皮質激素來緩解症狀。
激素的使用可以根據療程分為以下幾種情況：
1. 衝擊治療：療程一般小於5天，適用於危重症病人的搶救，如暴髮型感染、嚴重貧血、過敏性休克、嚴重哮喘持續狀態、血管性水腫喉頭水腫、狼瘡性腦病、重症大皰性面板病、重症藥疹、急進性腎炎等。在進行衝擊治療時，需要結合其他有效治療措施，可以快速停藥，如果衝擊治療無效，一般不可在短時間內重複使用。
2. 短程治療：療程小於1個月，包括應激性治療。適用於感染或變態反應類疾病，如結核性腦膜炎及胸膜炎、剝脫性皮炎或器官移植急性排斥反應等。在進行短程治療時，需要結合其他有效治療措施，停藥時需要逐漸減量至停藥。
3. 中程治療：療程在3個月以內，適用於病程較長且多器官受累的疾病，如風溼熱等。在中程治療後，可以減至維持劑量，並在停藥時逐漸遞減。
4. 長程治療：療程大於3個月，適用於預防和治療器官移植後的排斥反應以及反覆發作、多器官受累的慢性自身免疫病，如系統性紅斑狼瘡、溶血性貧血、系統性血管炎、結節病、大皰性面板病等。在進行維持治療時，可以每日或隔日給藥，並在停藥前逐步過渡到隔日療法後逐漸停藥。
5. 終身替代治療：適用於原發性或繼發性慢性腎上腺皮質功能減退症，並在各種應激情況下適當增加劑量。
一般來說，短期使用激素治療自限性及急性面板病是非常安全的（指治療時間不超過3周）；而長期使用超過生理劑量的激素治療可能會出現許多嚴重的不良反應（指療程超過4周）；在高劑量下，腎上腺抑制可能會在使用激素超過生理劑量4周後出現，而在超高劑量情況下，這種抑制更可能更早出現。