目前，關於先天性馬蹄內翻足病因的探究尚不十分清楚。基於現代醫學的角度，有研究者認為以下幾個因素或許與該病有關：
首先，遺傳因素可能是導致先天性馬蹄內翻足的原因之一。據報道，先天性馬蹄內翻足是一種常染色體顯性遺傳。在臨床實踐中，如果患者的父母或祖輩中存在該病例，發病的可能性約高出其他孩子的平均水平30倍，這表明遺傳因素在該疾病的發生中起到了一定作用。
其次，一些先天因素也可能是導致先天性馬蹄內翻足的原因之一。在胚胎五週之內，馬蹄內翻狀態是正常的，但五週後馬蹄內翻將逐漸恢復到正常狀態。當胚胎原始質量不足時，可能會導致馬蹄內翻無法恢復正常，這也可能是導致先天性馬蹄內翻足病的因素之一。
此外，神經或肌肉因素也有可能導致先天性馬蹄內翻足病的發病。這兩種因素的異常可能會影響到足部的正常運動和骨骼的正常生長，導致馬蹄內翻足的出現。
最後，最近的研究表明胎兒在母體內的體位也可能是導致先天性馬蹄內翻足的因素之一。當胎兒的腳在母體內處於某些特定位置時，可能會導致部分肌肉缺血和缺氧。羊水偏少、宮腔變小以及相關的壓迫也可能導致馬蹄內翻。
綜上所述，當前對馬蹄內翻足病的發病機制瞭解還不夠深入，上述因素只是目前所知的一些可能導致該疾病的原因。隨著醫學技術的進步和對該病的不斷研究，將會更好地瞭解馬蹄內翻足的發病機制。