胚胎著床的過程非常複雜，包括定位、粘附和侵入三個階段。在一箇非常有限的時間和空間範圍內發生著床，即所謂的著床窗，需要子宮內膜和胚胎髮育的同步化、相互作用和配合。目前尚未完全揭示胚胎著床的機制，但成功著床的要素包括高質量的胚胎、接受性良好的子宮內膜和適宜的內分泌環境。
一、子宮內膜異位症對胚胎著床的影響：
1、對卵母細胞和胚胎質量的影響：如果捐贈的卵母細胞來自患有子宮內膜異位症的患者，接受者的妊娠率和著床率會降低，這可能是由於卵母細胞和胚胎質量受損所致。腹腔液可以透過輸卵管進入子宮腔內，在胚胎的生長髮育和內環境的穩定中扮演重要角色。腹腔液成分的改變可以直接影響胚胎，導致其發育遲緩甚至死亡。研究發現，異位的子宮內膜可以誘導腹腔內的炎症反應，導致巨噬細胞數量和活性增加，一些細胞因子、前列腺素和粘附分子的含量增加。內異症患者的腹腔液中含有較高水平的IL21和IL26，這些物質具有胚胎毒性。
2、對子宮內膜容受性的影響：子宮內膜異位患者體內前列腺素水平增加，刺激子宮異常收縮，內異症患者子宮收縮的幅度比非內異症婦女高3倍。
二、提高子宮內膜異位症患者胚胎著床的方法：
1、促性腺激素：目前只有經過超長週期促性腺激素釋放激素激動劑（GnRH-a）治療的效果被肯定。一項薈萃分析綜合了近15年的研究結果，顯示使用超長週期GnRH-a治療後妊娠率明顯高於未用藥者，OR為413(CI:210～911)，認為使用3-6個月GnRH2a能使妊娠率提高4倍。
2、抗炎治療：非甾體抗炎藥物（NSAIDS）透過抑制環氧化酶（COX）的作用，減少前列腺素的產生。NSAIDS可能減少子宮收縮，提高胚胎著床的機會。研究發現，NSAIDS能減少子宮收縮，提高胚胎著床機會。對於子宮內異位症患者，使用piroxicam治療後孕激素受體（PR）約增加兩倍，推測piroxicam治療後提高了PR水平，使子宮收縮恢復正常。
3、手術治療：已經證明手術治療可以提高合併不孕的子宮內膜異位症患者的自然受孕能力。手術去除腹腔和盆腔表面的病灶，儘可能改善盆腔內的毒性環境，減少超促排卵過程中病灶的快速生長的機會。