目前臨床使用最廣泛的藥物治療睫狀肌麻痺有三種：阿托品、環噴託酯和複方託吡卡胺。對於12歲以下的孩子，一般建議使用前兩種藥物，因為這兩種藥物可以最充分地麻痺睫狀肌。
阿托品需要家長自行點眼，每天點眼一到兩次，連續使用三天后再到門診驗光。然而，由於阿托品需要連續使用三個晚上，並且藥效持續時間較長（大約7-14天），給患者帶來了很多不便，因此在臨床應用中逐漸減少。
環噴託酯是目前應用最廣泛的藥物，其睫狀肌麻痺效果與阿托品相近。使用方法是在就診當天點眼，每次點眼5-6次，每次間隔5分鐘。為了增強睫狀肌麻痺效果，可以與眼部表面麻醉劑和複方託吡卡胺聯合使用。點藥結束後，等待至少半小時進行驗光。通常2天左右瞳孔即可恢復正常大小，對日常生活和學習的影響較小。
12歲以上的孩子可以使用複方託吡卡胺。點眼方法是每15分鐘點眼一次，總共點眼4次，然後等待20至30分鐘後進行檢影驗光。4-6小時後瞳孔即可恢復正常。
因此，家長帶著視力不好的孩子去看醫生時，需要提前安排好就診時間，以便有足夠的時間進行檢影驗光，避免因不合適的時間而需要多次往返就診的情況發生。
此外，睫狀肌麻痺驗光後，由於瞳孔散大，孩子可能會出現畏光、近距離看物模糊等症狀，因此在瞳孔恢復正常之前，孩子需要多休息，儘量不要進行近距離的活動，而且在戶外活動時需要注意遮光。