檸檬除了作為檸檬水的主要食用方式，還具有其他很多不為人知的功效。例如，檸檬含有豐富的維生素C，可以透過將檸檬汁稀釋後洗臉的方式有效清潔面板和去除油脂。檸檬中的有機酸可以與面板的鹼性物質中和，防止黑色素在面板中的沉積。此外，檸檬中富含果酸，具有抗菌、軟化和清潔面板的作用，並且能夠深層清潔面板並增強其彈性。
需要注意的是，檸檬作為美白的方法，不宜在白天使用。檸檬中的某些成分在接觸面板後，經紫外線照射後會導致黑色素沉積，反而會產生黑斑。除了美白功效外，檸檬還有其他很多功能。
檸檬有治療感冒和咳嗽的功效。將檸檬榨成汁並加入溫開水和鹽，經常服用可以幫助化痰和止咳，對咳嗽有一定療效。在感冒時飲用檸檬汁，也可適量加入蜂蜜以緩解感冒症狀。
經常飲用檸檬水可以補充體內的維生素C。感冒時，每天飲用500毫升至1000毫升的檸檬水，能夠緩解流鼻涕的症狀，並有助於感冒康復。在感冒初期飲用檸檬水，有助於更好地恢復健康。有些人甚至能夠憑藉飲用檸檬水而不使用中藥或西藥就康復，這有助於減少病毒的耐藥性，並提高體內免疫力和抗病毒能力。
檸檬除了具有抗菌和增強免疫力的功能外，還能促進腸胃蠕動、開胃、生津止渴和解暑。檸檬的果皮含有豐富的鈣，因此為了獲得更佳的食用效果，最好將檸檬連皮榨汁。
經常飲用檸檬水還有減肥的效果。檸檬水中富含酸性物質，可以分解體內脂肪。具體方法是將半顆檸檬的汁加入一公升的水中，並輔以15分鐘的運動量，在排除體內毒素的同時促進脂肪分解。
雖然檸檬有許多好處，但並非適合所有人。有腸胃病的人要少吃檸檬，因為檸檬過於酸會對胃黏膜造成損傷。