許多人錯誤地認為魚頭湯美味、安全、營養豐富，常常食用。然而，從營養學角度來看，魚頭湯的營養價值通常有限，在糖尿病、高血壓、高血脂和高膽固醇患者中不宜經常飲用。
蛋白質只佔魚肉的2％左右，但脂肪卻集中在魚肉中的40％。人體健康所需的營養不只是一種元素，而是多種元素按比例科學搭配的組合，並且應因人而異。例如，對於蛋白質而言，蛋白質-能量營養不良的患者需要高蛋白飲食，但對於慢性腎功能衰竭的患者來說，高蛋白飲食往往是致命的。而葷湯，如魚湯和肉湯，除了富含脂肪外，其他營養素都很缺乏。一碗魚湯中溶解的蛋白質只佔魚肉的2％左右，卻集中了魚肉中脂肪的40％。
從營養價值上來看，鱅魚去除水分後，魚頭中的蛋白質含量為49.0％，遠低於魚肉中的87.5％；脂肪含量為14.9％，遠高於魚肉的3.1％。鰱魚的情況也類似，魚頭的蛋白質含量為53.6％，遠低於魚肉的83.2％；脂肪含量為11.4％，遠高於魚肉的2.8％。
魚頭湯的“湯汁乳白、味濃醇厚，鮮美異常”，許多人錯誤地認為白色湯汁中溶解了蛋白質和鈣等營養物質，這其實是一箇誤解。乳白色、濃稠湯汁形成的過程實際上是脂肪乳化的過程。烹飪經驗告訴，要想燉出乳白色湯，必須選擇富含蛋白質和脂肪的新鮮動物性原料，並且在熬湯之前要先油煎魚頭，然後用大火熬煮，保持湯汁沸騰。
在熬製過程中，烹調油中的脂肪以及原料中所含的脂肪、肌肉組織中的水溶性蛋白質和骨骼中的卵磷脂會溶解出來，肉皮中的膠原蛋白部分水解成明膠分子。在鍋內持續沸騰的情況下，脂肪組織會被粉碎成細小的微粒，而卵磷脂、明膠分子和一些具有乳化性的蛋白質起到了乳化劑的作用，形成了水包油的乳化液，使湯汁濃白，最終成為奶湯。因此，“奶湯”實際上是“乳化脂肪”，沒有脂肪的魚湯一般不會呈現乳白色。
對於飢餓的人來說，葷湯是最令人滿足的食物。但對於需要科學攝入蛋白質、維生素和膳食纖維的老年人和高血壓等高危人群來說，常喝魚湯會導致攝入過多脂肪和能量，同時，魚湯的飽腹感會佔據本應攝入的其他食物的胃容量，長期食用會影響膳食結構，造成營養不均衡。
此外，魚頭因為富集了魚的血管，恰恰成為各種殘留的農藥和其他有毒化學物質的聚集區。根據以往的調查資料，魚頭部的農藥殘留量和重金屬量有可能是魚肉所含量的5-10倍。同時，魚頭中可能存在大量寄生蟲。燉魚頭湯時，由於長時間的燉煮，一般可以不考慮這個問題，但在吃火鍋時要注意。